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FoundationOne®擴大範圍之基因檢測在肺癌精準醫療之應用與前景
[ 發布者:陳駿逸 | 時間:2018-06-18 20:52:20 | 作者:癌症治療 陳駿逸醫師 | 來源: | 瀏覽:561次 ]

FoundationOne®是一種全方位基因組測序分析服務,針對所有實體腫瘤(除肉瘤以外)使用組織樣本,應用了“基於獨特標靶富集的雜交捕獲(Hybrid Capture)”的二代基因測序(NGS)技術,在一次性的基因檢測中同時提供了315個基因其4種基因變異情形,與腫瘤突變負荷(TMB)和微衛星不穩定(MSI)

兩種基因標籤的全面分子資訊,更加精確地指導個體化標靶及免疫治療方案。

 

FoundationOne®的檢測結果是經過美國最大基因測序公司Foundation Medicine嚴謹分析驗證的, 目前Foundation Medicine公司的所提供FoundationOne CDxTM是美國FDA核准的首個經過臨床驗證的伴隨式診斷(CDx)的二代基因測序。

 

關於癌症變異基因檢測問題,從最初單個基因檢測到一組基因檢測,再到現在的擴大範圍之基因檢測,技術從PCR平臺到現在NGS平臺。

 

擴大範圍之基因檢測平臺應用於肺癌具有以下優勢:

第一,隨著肺癌驅動基因陸續被發現,從最初驅動基因EGFRALK美國到現在NCCN推薦有藥物可用的8個驅動基因基因。現在將臨床切片之病理組織用於一個個的單基因檢測時候檢體組織會是明顯不夠用的,所以要做一次進行多個基因檢測,才可以有限的肺癌組織檢體中獲得最大化的腫瘤生物訊息收集。而二代基因測序涵蓋基因可以進行肺癌目前所需要之擴大範圍之基因檢測;

第二,要瞭解肺癌標靶治療的抗藥性機制更需要擴大範圍之基因檢測,才可以有限的肺癌組織檢體中獲得最大化的抗藥性機制生物訊息收集。

第三,隨著癌症免疫治療的進展,TMB與肺癌免疫治療間關係日益密切,FoundationOne所分析出來的TMB跟全基因測序所得之TMB有相當高的一致性,所以能夠當作預測免疫治療療效的有效指標。

第四,FoundationOne®在美國,目前已經有近二十萬例病例驗證,顯示其確實能夠預測療效,而且陸續的大數據資料分析,更提供罕見癌症基因分析的參考。

 

FoundationOne®的二代測序技術能夠檢測全部四種基因變異,與兩個基因標籤且是美國FDA批准之MSI/dMMR,目前已經可以用於泛癌種的免疫治療預測,但在肺癌領域內其MSI發生率很低,可能還要探索其他預測指標。

 

講到免疫治療可透過分析新抗原程度來預測其療效,但是新抗原之檢測對於技術的要求上是很高,如果能用擴大範圍之基因檢測技術檢測TMB,則TMB屬於高者可以預期這部分病人更容易受惠於免疫治療。目前研究中已經看到TMB能夠預測肺癌免疫藥物nivolumab療效,回顧性分析CheckMate227研究應用FoundationOne®技術,將TMB=10訂為標準值,超過或等於10者其免疫治療的療效要比傳統化療好,但還是需要更多前瞻性臨床試驗驗證。雖然,目前美國FDA並沒有核准TMB作為伴隨診斷,但TMB的研究發現已經讓一部分病人可能獲益,未來還需要做更多的研究來證明。 

 

 

另外,FoundationOne®包括315個基因,涵蓋的基因甚廣,會因此檢測出標靶治療抗藥性位點。例如一個肺癌病人原來是EGFR突變,抗藥性發生後可能出現第二個突變點T790M,也可能伴隨有ALK基因突變,所以需要擴大範圍之基因檢測。

 






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